Descrierea structurii unor tipuri de înregistrari

Descrierea structurii unor tipuri de înregistrări

ATOM

Generalităţi

Înregistrarea ATOM prezintă coordonatele atomice pentru reziduurile standard. Ele mai prezintă factorii de ocupare şi temperatură ale fiecărui atom. Coordonate grupurilor heterogene utilizează înregistrarea de tip HETATM. Simbolul elementului este totdeauna prezent în fiecare înregistrare de tip ATOM, identificatorul de segment şi sarcină sunt opţionale.

Formatul înregistrării

Coloane	Tipul datei	Câmp	Definiţie
1 - 6	numele înregistrării	ATOM
7 - 11	integer	serial	Numărul de ordine al atomului.
13 - 16	Atom	nume	Numele atomului.
17	Caracter	altLoc	Indicator de poziţie alternativ (Alternate location indicator)
18 - 20	Numele reziduului	resName	Numele reziduului.
22	Caracter	chainID	Identificator de lanţ.
23 - 26	integer	resSeq	Residue sequence number.
27	AChar	iCode	Cod pentru inserţia reziduurilor.
31 - 38	Real(8.3)	x	Coordonata ortogonală pentru X în Angstrom.
39 - 46	Real(8.3)	y	Coordonata ortogonală pentru Y în Angstrom.
47 - 54	Real(8.3)	z	Coordonata ortogonală pentru Z în Angstrom.
55 - 60	Real(6.2)	occupancy	Ocuparea.
61 - 66	Real(6.2)	tempFactor	Factor de temperatură.
73 - 76	LString(4)	segID	Identificator de segment, aliniat stânga.
77 - 78	LString(2)	element	Simbolul elementului, aliniat dreapta.
79 - 80	LString(2)	sarcina	Sarcina atomului.

Exemplu

1 2 3 4 5 6 7 8

12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890

ATOM 145 N VAL A 25 32.433 16.336 57.540 1.00 11.92 A1 N

ATOM 146 CA VAL A 25 31.132 16.439 58.160 1.00 11.85 A1 C

ATOM 147 C VAL A 25 30.447 15.105 58.363 1.00 12.34 A1 C

ATOM 148 O VAL A 25 29.520 15.059 59.174 1.00 15.65 A1 O

ATOM 149 CB AVAL A 25 30.385 17.437 57.230 0.28 13.88 A1 C

ATOM 150 CB BVAL A 25 30.166 17.399 57.373 0.72 15.41 A1 C

ATOM 151 CG1AVAL A 25 28.870 17.401 57.336 0.28 12.64 A1 C

ATOM 152 CG1BVAL A 25 30.805 18.788 57.449 0.72 15.11 A1 C

ATOM 153 CG2AVAL A 25 30.835 18.826 57.661 0.28 13.58 A1 C

ATOM 154 CG2BVAL A 25 29.909 16.996 55.922 0.72 13.25 A1 C

Detalii

Înregistrările ATOM pentru proteine sunt listate de la terminaţia amino către terminaţia carboxil
Reziduurile de acid nucleic sunt listate de la terminaţia 5' către terminaţia 3'.
Nu este specificată nici o rodina pentru polizaharide.
Lista înregistrărilor ATOM dintr-un lanţ sunt terminate de o înregistrarea TER.
Dacă sunt prezente mai multe modele în fişier, fiecare model este delimitat prin înregistrările MODEL şi ENDMDL.
Dacă un atom poate ocupa mai multe poziţii atunci un indicator (nu spaţiu) de poziţie alternativă trebuie utilizat drept indicator de poziţie alternativă pentru fiecare dintre aceste poziţii. Într-un reziduu toţi atomii grupaţi într-o conformaie dată au atribuit acelaşi indicator de poziţie alternativă.

CONECT

Generalităţi

Înregistrările CONECT precizează conectarea dintre atomii pentru care coordonatele sunt date. Conectarea este descrisă prin utilizarea numărul de ordine al atomului folosită în descrierea poziţiei în înregistrările de tip ATOM. Înregistrările de tip CONECT sunt obligatorii pentru grupurile HET (mai puţin apa) şi pentru alte legături nespecificate în tabelul de interconectare a reziduurilor standard care implică atomi în reziduurile standard. Aceste înregistrări sunt generate de către PDB.

Formatul înregistrării

Coloane	Tipul datei	Câmp	Definiţie
1 - 6	numele înregistrării	CONECT
7 - 11	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului.
12 - 16	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat.
17 - 21	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat.
22 - 26	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat.
27 - 31	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat.
32 - 36	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen.
37 - 41	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen.
42 - 46	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin punte de sare (salt bridged atom).
47 - 51	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen.
52 - 56	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen.
57 - 61	Integer	serial	Numărul de ordine al atomului legat prin punte de sare (salt bridged atom).

Detalii suplimentare se pot obţine de pe situl WWW referit anterior:

http://www.rcsb.org/pdb/

12-Jan-2012