Cum arată un fişier în format PDB

59

Citozina

Un exemplu simplu este cel al citozinei dat în cele ce urmează

HEADER
REMARK Spartan exported Wed Feb 11 21:41:38 1998
HETATM    1  C   UNK  0001      -1.322  -0.018  -1.043
HETATM    2  N   UNK  0001      -1.317   0.091   0.329
HETATM    3  C   UNK  0001      -0.162   0.133   0.931
HETATM    4  C   UNK  0001       1.154   0.067   0.228
HETATM    5  N   UNK  0001      -0.186   0.237   2.295
HETATM    6  O   UNK  0001      -2.359  -0.054  -1.691
HETATM    7  N   UNK  0001      -0.135  -0.094  -1.723
HETATM    8  H   UNK  0001       1.945  -0.093  -1.745
HETATM    9  H   UNK  0001      -0.197  -0.151  -2.729
HETATM   10  C   UNK  0001       1.075  -0.044  -1.100
HETATM   11  H   UNK  0001       2.078   0.125   0.782
HETATM   12  H   UNK  0001       0.540  -0.254   2.801
HETATM   13  H   UNK  0001      -1.115   0.055   2.665
CONECT    1    7    6    2
CONECT    2    3    1
CONECT    3    2    4    5
CONECT    4    3   10   11
CONECT    5    3   12   13
CONECT    6    1
CONECT    7    1   10    9
CONECT    8   10
CONECT   10    7    4    8
CONECT   11    4
CONECT   12    5
CONECT   13    5
END

    Imaginea 3D a citozinei (sub forma de BMP obţinută prin export din rasmol, sau sub forma jpg prin transformarea pdb în VRML vizualizat cu browser capturată imaginea cu screen save importată în MSPaint, prelucrată şi salvată în format jpeg. Observaţie: formatul bmp exportat din Rasmol este de dimensiune mică însă nu poate fi convertit în jpeg sau gif de către MSPaint) este

 

 

Fig. 2. Imagine 3D a citozinei. Fişier BMP obţinut prin export din Rasmol. 

Fig. 3. Imagine 3D a citozinei. Fişier JPEG obţinut prin transformarea PDB în VRML  (cu programul pdb2vrml.exe. Fişierul cu extensia WRL obţinut astfel este vizualizat cu un browser MSIE. Imaginea 2D astfel obţinută este capturată cu funcţia screen save a Windows şi importată în MSPaint. Prelucrată în MSPaint şi apoi salvată în format JPEG.

© Cornel Mironel Niculae, 2003-

12-Jan-2012