Similaritatea secvenţelor

40

    În cele ce urmează ne vom ocupa cu similaritatea secvenţelor, în care secvenţa considerată poate fi de ADN, ARN sau secvenţă de aminoacizi. Interesul nostru se bazează pe presupunerea un mare grad de similaritate dintre două secvenţe implică funcţie similară şi/sau structură. Majoritatea conţinutului lecţiilor acestea se bazează pe cartea lui Dan Gusfield asupra şirurilor, arborilor în ştiinţa calculatoarelor şi biologie [GUS997].

    De ce începem cu aceasta, în loc de a discuta despre cum biologii determină secvenţa mai întâi? Deoarece problemele şi algoritmii referitoare la similaritatea secvenţelor sunt rezonabil de simple. Aceasta crează un bun context în care vom conveni să folosim un limbaj ce va fi folosit pentru a discuta calculele şi algoritmii.

Cuvântul algoritm înseamnă o metodă neambiguu specificată pentru rezolvarea unei probleme. În acest context, un algoritm poate fi gândit ca un program de calculator, cu toate că în general vom exprima algoritmii într-un limbaj oarecum mai abstract decât într-un adevărat limbaj de programare.

© Cornel Mironel Niculae, 2003-2008

13-Nov-2009