62 |
ATOM
Īnregistrarea ATOM prezintă coordonatele atomice pentru reziduurile standard. Ele mai prezintă factorii de ocupare şi temperatură ale fiecărui atom. Coordonate grupurilor heterogene utilizează īnregistrarea de tip HETATM. Simbolul elementului este totdeauna prezent īn fiecare īnregistrare de tip ATOM, identificatorul de segment şi sarcină sunt opţionale.
Coloane |
Tipul datei |
Cāmp |
Definiţie |
1 - 6 |
numele īnregistrării |
ATOM |
|
7 - 11 |
integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului. |
13 - 16 |
Atom |
nume |
Numele atomului. |
17 |
Caracter |
altLoc |
Indicator de poziţie alternativ (Alternate location indicator) |
18 - 20 |
Numele reziduului |
resName |
Numele reziduului. |
22 |
Caracter |
chainID |
Identificator de lanţ. |
23 - 26 |
integer |
resSeq |
Residue sequence number. |
27 |
AChar |
iCode |
Cod pentru inserţia reziduurilor. |
31 - 38 |
Real(8.3) |
x |
Coordonata ortogonală pentru X īn Angstrom. |
39 - 46 |
Real(8.3) |
y |
Coordonata ortogonală pentru Y īn Angstrom. |
47 - 54 |
Real(8.3) |
z |
Coordonata ortogonală pentru Z īn Angstrom. |
55 - 60 |
Real(6.2) |
occupancy |
Ocuparea. |
61 - 66 |
Real(6.2) |
tempFactor |
Factor de temperatură. |
73 - 76 |
LString(4) |
segID |
Identificator de segment, aliniat stānga. |
77 - 78 |
LString(2) |
element |
Simbolul elementului, aliniat dreapta. |
79 - 80 |
LString(2) |
sarcina |
Sarcina atomului. |
Exemplu
1 2 3 4 5 6 7 8
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ATOM 145 N VAL A 25 32.433 16.336 57.540 1.00 11.92 A1 N
ATOM 146 CA VAL A 25 31.132 16.439 58.160 1.00 11.85 A1 C
ATOM 147 C VAL A 25 30.447 15.105 58.363 1.00 12.34 A1 C
ATOM 148 O VAL A 25 29.520 15.059 59.174 1.00 15.65 A1 O
ATOM 149 CB AVAL A 25 30.385 17.437 57.230 0.28 13.88 A1 C
ATOM 150 CB BVAL A 25 30.166 17.399 57.373 0.72 15.41 A1 C
ATOM 151 CG1AVAL A 25 28.870 17.401 57.336 0.28 12.64 A1 C
ATOM 152 CG1BVAL A 25 30.805 18.788 57.449 0.72 15.11 A1 C
ATOM 153 CG2AVAL A 25 30.835 18.826 57.661 0.28 13.58 A1 C
ATOM 154 CG2BVAL A 25 29.909 16.996 55.922 0.72 13.25 A1 C
Detalii
CONECT
Īnregistrările CONECT precizează conectarea dintre atomii pentru care coordonatele sunt date. Conectarea este descrisă prin utilizarea numărul de ordine al atomului folosită īn descrierea poziţiei īn īnregistrările de tip ATOM. Īnregistrările de tip CONECT sunt obligatorii pentru grupurile HET (mai puţin apa) şi pentru alte legături nespecificate īn tabelul de interconectare a reziduurilor standard care implică atomi īn reziduurile standard. Aceste īnregistrări sunt generate de către PDB.
Formatul īnregistrării
Coloane |
Tipul datei |
Cāmp |
Definiţie |
1 - 6 |
numele īnregistrării |
CONECT |
|
7 - 11 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului. |
12 - 16 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat. |
17 - 21 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat. |
22 - 26 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat. |
27 - 31 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat. |
32 - 36 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen. |
37 - 41 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen. |
42 - 46 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin punte de sare (salt bridged atom). |
47 - 51 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen. |
52 - 56 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin legătură de hidrogen. |
57 - 61 |
Integer |
serial |
Numărul de ordine al atomului legat prin punte de sare (salt bridged atom). |
Detalii suplimentare se pot obţine de pe situl WWW referit anterior:
© Cornel Mironel Niculae, 2003-
12-Jan-2012